引言
肺外结核由于结核分枝杆菌（MTB）载量低，传统涂片和培养法阳性率仅为12.8%，而分子诊断技术大大提高了结核分枝杆菌的检出率。年WHO的《结核病诊断标准》和年中国的《肺结核诊断标准》将分子检测技术作为结核病诊断确诊病例条件之一。最新广泛应用的宏基因组测序（mNGS）技术同Xpert相比在涂阴肺外结核表现如何？同济医院结核病实验室团队在《InternationalJournalofInfectiousDiseases》发表了一项研究结果，探讨了mNGS在涂阴肺外结核病中的诊断性能，结果显示mNGS对痰涂片阴性的肺外结核的病原学检查效果优于以往所有的结核病原学检查，并能在48小时内一次鉴定出所有可能的病原体。
研究方法
回顾性分析年1月1日至年12月31医院就诊的肺外标本涂片阴性但提示肺外结核（EPTB）的例患者，从患者疑似感染部位收集的临床标本包括脑脊液、胸腔积液、腹水、心包积液、关节腔积液、脓液/淋巴活检组织、尿液等，进行结核培养和Xpert检测，并在BGI测序平台上进行mNGS检测。最终诊断为EPTB患者例（结核性淋巴结炎47例，结核性脑膜炎45例，结核性胸膜炎42例，骨关节/脊柱结核15例，结核性腹膜炎12例，泌尿生殖系结核11例，结核性心包炎8例），其余28例确诊非结核，见图1。
图1.纳入患者疾病分布图
EPTB的诊断标准
确诊病例：患者病原学阳性包括MGIT、Xpert或mNGS。
“可能的病例”：以结核病影像学特征和临床表现排除其他疾病，结核免疫试验或组织病理学检查阳性，抗结核治疗有效。
mNGS阳性结果判断
MTB是一种细胞内生长的细菌，同时细胞壁坚韧，DNA提取困难，污染风险低。再加上肺外标本的细菌载量低，当至少1条reads比对到种或属水平时，结果被认为是MTB阳性。
研究结果
mNGS在肺外结核中的诊断效能
1
所有诊断为EPTB的患者中，MGIT、Xpert和mNGS灵敏度分别为：13.89%(25/,95%CI9.36-20.01)、36.11%(65/,95%CI29.19-43.63)和56.11%(/,95%CI48.53-63.43)。培养和Xpert联合诊断灵敏度为37.78%，mNGS比联合培养和xpert诊断EPTB的灵敏度提高了18.3%，见表1.
表1MGIT、Xpert和mNGS的诊断效能
2
33例mNGS为阳性的EPTB患者中，培养和Xpert结果均为阴性，其中15例患者没有任何结核阳性的实验室检测结果（包括QFT试验）。绘制mNGS、Xpert、MGIT的ROC曲线，并计算AUC值，mNGS的AUC值最大为0.79，见图2。
图2不同EPTB检测方法的诊断效率
mNGS检出其他病原体的情况
1
例EPTB患者中，其中4例EPTB患者mNGS除了检出结核分枝杆菌，同时其中1例检出隐球菌、1例检出葡萄球菌、1例检出链球菌感染，1例检出铜绿假单胞菌感染，特别是隐球菌合并结核性脑炎容易误诊。回顾临床情况，4例患者均做了适当抗生素调整，且治疗均获得效果。
2
28例非EPTB患者中，其中9例为有初发症状的肺结核患者，但经mNGS鉴定后发现为其他病原体感染引起（包括真菌性脑膜炎2例、阿米巴脑膜炎1例、细菌性脓胸2例、细菌性脊髓感染2例、细菌性尿路感染1例、非结核分枝杆菌淋巴结炎1例）。另外19例最终诊断为恶性肿瘤，其中9例mNGS检测到了细菌序列，回顾病史和临床情况，考虑到可能肿瘤合并感染，4名患者接受了靶向抗生素治疗，5名患者因考虑mNGS检测到的细菌为污染或定植，因此没有进行任何干预措施。
不同类型EPTB中mNGS检出MTB的分布情况
不同类型EPTB的mNGS敏感性差异显著，mNGS在结核性脑膜炎中检测敏感性最高（38/45，84.44%），其次是结核性淋巴结炎（33/47，70.21%），再次是骨关节/脊柱结核（8/15，53.33%）和泌尿生殖系结核（5/11，45.45%），最后是结核性腹膜炎（4/12，33.33%）、结核性胸膜炎（11/42,27.90%）和结核性心包炎（2/8,25%）。
抗结核治疗对mNGS结果的影响
51例抗结核治疗后EPTB的mNGS检出率为52.94%，例抗结核治疗前EPTB的mNGS检出率为62.79%，两者检出率无显著性差异，见表2.
表2抗结核治疗对NGS结果的影响
研究结论
1.mNGS检测EPTB敏感性明显高于结核培养和Xpert
mNGS对所有活动性EPTB的敏感性最高(56.11%)，显著高于MGIT（13.89%）和Xpert（36.11%）。其中NGS阳性33例，其他两项检查均为阴性，15例无结核阳性检测结果，说明mNGS对肺外结核分枝杆菌检测能力较强。mNGS在结核性脑膜炎中检出率最高，在结核性胸膜炎的胸腔积液标本中检出较低，因此结核性胸膜炎送检活检样本优于胸腔积液。
2.抗生素治疗对mNGS无影响
传统病原学（培养或涂片）取决于标本中是否存在活菌。然而，抗生素对活菌有一定的杀灭作用，可能导致传统病原学的检出率下降。本文比较51例EPTB患者治疗后与例治疗前mNGS检出率无显著性差异，表明抗生素治疗对mNGS检出无影响。
3.mNGS技术能鉴别其他感染和检测共感染
mNGS技术可在48小时内一次鉴定出所有可能的病原体，除了能诊断EPTB外，还能鉴别其他感染和共感染，尤其是在疑难或复杂感染病例中。
作者：谢俊
校审：孙经梦
编辑：赵晓晶
参考文献
编辑：高少卉
导读：
正确的微生物标本采集、处理、运送，直接关系到致病菌培养的正确性与阳性率的高低，是临床细菌检验成功的关键，是准确的病原学诊断的前提。本文与大家分享关于无菌体液标本的采集及运送原则，希望对大家有所帮助。
1检验项目无菌体液是指除血液、骨髓、脑脊液以外的胸水、腹水、心包液、关节液、鞘膜积液和胆汁等穿刺液。检验项目包括无菌体液的细菌培养、真菌培养、一般细菌涂片、真菌涂片、结核菌涂片。2物品准备与检验申请2.1领取无菌试管。请拿检验申请单到细菌室登记领取。2.2填写检验申请单。用钢笔填写，字迹清楚，填写完整。3标本采集
3.1采集指征
3.1.1胸水采集指征：①症状指征：伴有胸痛、发热、胸腔积液；②疾病指征：结核性胸膜炎，细菌性肺炎引起的胸膜炎，真菌感染引起的胸腔积液。
3.1.2腹水采集指征：①腹部有积液伴腹痛、呕吐、肌紧张、肠鸣音弱或消失等症状；②疾病指征：原发性腹膜炎或继发性腹膜炎。
3.1.3心包液采集指征：①症状指征：发冷、发热、心悸、出汗、乏力及精神症状；心前区疼痛，心包摩擦音；心音明显减弱，有肺实变体征，可出现心包压塞征象；心电图改变。②疾病指征：结核性心包炎，风湿性心包炎，化脓性及多由病*引起的急性非特异性心包炎。
3.1.4关节液采集指征：①症状指征：关节肿胀，关节周围肌肉发生保护性痉挛，严重时出现全身寒战与高热，局部温度增高。②疾病指征：化脓性关节炎。
3.1.5鞘膜积液采集指征：①症状指征：患者某侧睾丸急性发作的疼痛，并向腹股沟部放射，自觉局部肿胀、发热、全身症状较轻，但有时体温可达40℃，无泌尿系统感染特征。②疾病指征：急性睾丸炎
3.1.6胆汁采集指征：①症状指征：腹痛、*疸、右上腹压痛、肌紧张、胆囊区深吸气是有触痛，即墨菲征阳性、中*或休克，常伴有恶心、呕吐、发热、尿少且*。②疾病指征：胆石病、急、慢性胆囊炎、肝胆系统感染、伤寒带菌者等。
3.2采集方法
由临床医生按相应规程无菌操作穿刺抽取标本或外科手术采集标本。
采集量3～5ml。当留取标本时，为防止无菌体液凝固，可在无菌容器内先加入灭菌肝素0.5ml（可抗凝5ml标本，但抗凝剂可能影响苛养菌的分离），再注入各种穿刺液，轻轻混合，立即送检。必要时可将标本直接加入血培养瓶中。
4标本运送和验收
4.1标本采集后常温下15min内送至细菌室，若不能及时送检，室温下保存≤24h（胆汁标本应保存于4℃冰箱中）；若做真菌培养需要4℃保存。疑有淋病性关节炎患者的关节液采集后应立即保温送检，不能置于4℃冰箱保存。
4.2送检地点：检验科细菌室或急诊检验科
4.3标本验收与拒收：申请单填写应完整无误，标本标签必须唯一，并与申请单相符。未标明采集时间、部位或检验要求等拒收。未置于无菌容器内或标本凝固或未及时送检者应拒收。
（配图来自网络，如有侵权请联系删除）
END
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