一般推荐治疗7~14天，疗程与潜在疾病的治疗密切相关。伴有下尿路症状的患者治疗时间通常为7天，有上尿路症状或脓*症患者通常为14天。根据临床情况，疗程有时需延长至21天。对于长期留置导尿管或尿路支架管的患者，应尽量缩短治疗时间，以避免细菌耐药。对于复杂性UTI患者不推荐预防性应用抗菌药物防止尿路感染复发。
复杂性尿路感染的经验治疗推荐应用主要经肾脏排泄的氟喹诺酮类，也可选择B-内酰胺酶抑制剂复合制剂、2代或3a代头孢菌素、或者氨基糖苷类，磷霉素氨丁三醇对复杂性尿路感染的大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎克雷伯菌、表皮球菌等均具有很好的抗菌活性，可用于尿路感染的经验
治疗。
如果初始治疗失败，微生物学检查结果尚未报告，或者作为临床严重感染的初始治疗，则须改用亦能有效针对假单胞菌的抗菌药物，如氟喹诺酮（如果未被用于初始治疗）、酰氨基青霉素（哌拉西林）加B-内酰胺酶抑制剂复合制剂、3b代头孢菌素或碳青霉烯类抗菌药物，最后联用氨基糖苷类。
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